Magisterský študijný program archeológie poskytuje široký prehľad o pravekom a včasnodejinnom vývoji a dôraz kladie na interdisciplinárnu spoluprácu (paleobotanika, paleozoológia, história, ochrana kultúrneho dedičstva, pomocné vedy historické, atď.). V kurzoch sú obsiahnuté základy metodiky archeologického výskumu s cieľom poskytnúť absolventovi spôsobilosti zorganizovať a viesť terénny archeologický výskum, riešiť terénne nálezové situácie a riadiť tím pracovníkov pri terénnom výskume a pri spravovaní nálezového fondu, analyzovať archeologické pramene a kontexty a zasadiť ich do súvislosti historického a kultúrneho vývoja Slovenska a Európy. Cieľom výuky je tvorivo kooperovať na úrovni interdisciplinárnej spolupráce, publikovať výsledky základného terénneho výskumu a nálezových fondov a prezentovať výsledky archeologického bádania formou výstav, stálych expozícií, budovaním archeologických parkov a náučných chodníkov a prednášok na odborných a vedeckých podujatiach.
Absolventi získajú úplné vysokoškolské vzdelanie v odbore archeológia s orientáciou na pravek a včasnohistorický vývoj strednej Európy a môžu pôsobiť ako členovia výskumných tímov na pracoviskách SAV, odborní pracovníci v múzeách, metodicko-riadiaci alebo odborní pracovníci pamiatkových úradov, v štátnej alebo verejnej službe, učitelia alebo vedeckí pracovníci na vysokých školách, odborní pracovníci v organizáciách (spoločnostiach) pre aplikované (komerčné) terénne výskumy vyvolané stavebnou činnosťou, v kultúrnych ustanovizniach so zameraním na históriu a ochranu kultúrneho dedičstva.
